胆管扩张以后，胆汁有可能在胆管内淤滞，从而析出形成胆管的结石。胆管结石进一步可造成胆管炎的发生，引起临床上的高热、寒颤、腹痛，严重的患者会出现黄疸、神经系统的症状和休克等，表现为夏科氏三联征和雷诺五联征。对于胆管结石，如果反复引起胆管炎，造成肝脏的萎缩，出现胆管的狭窄和胆管的进一步扩张。长时间这种刺激会出现胆管癌，恶性程度比较高，及时进行根治性的手术，患者也有可能在术后的1-2年内出现早期的复发，而且胆管癌对于放化疗均不是很敏感。因此，一旦患者出现胆管癌，有可能对生存期造成很大的影响，大部分的患者5年的生存率不超过30%，这也是胆管扩张最严重的后果。