甲减的病因很复杂，以原发性甲减多见。原发性甲减的主要病因有四个方面：
1、甲状腺手术切除、放射碘或放射线治疗后。
2、慢性淋巴细胞性甲状腺炎或侵袭纤维性甲状腺炎后期。
3、Graves病晚期。
4、抗甲状腺药物使用过量。原发性甲减有些病因不明确，可能与甲状腺自身免疫损害有关。
垂体性甲减又称继发性甲减，比较少见，这种甲减常因肿瘤、手术、放疗或产后垂体坏死而引起。还有下丘脑性甲减，也称三发性甲减，这种甲减很罕见，可由下丘脑的肿瘤、慢性炎症或放疗而引起。