切除胆囊的危害主要是表现为：切除胆囊手术过程中的危害和术后的不良反应，主要是以手术中的危害最为严重。切除胆囊最主要的并发症是胆总管的损伤，这是很严重的后果，如果术中能够发现给予恰当的处理，有可能将损伤降低到最小。但是也有可能出现胆道的狭窄，需要二次手术再行胆肠吻合，而胆肠吻合会带来一系列的不良影响，比如反复发作胆管炎、继发性的胆管结石，还有出现胆管癌的可能。而对于术中没有发现胆总管的损伤，这有可能造成非常灾难性后果，患者术后会出现胆汁性的腹膜炎，黄疸严重的患者可以造成感染性的休克引起死亡。如果损害了肝右动脉等重要的血管，还有可能出现假性的动脉瘤，造成反复的消化道出血和腹腔内出血，严重的导致失血性休克乃至死亡。大部分胆囊切除术后的患者一般恢复还是非常良好的，可以恢复到正常生活状态。部分的患者还有可能出现消化不良、厌食油腻以及食欲不振的情况，主要是表现为脂肪泻。也有部分研究已经表明，切除胆囊以后有可能增加胆管结石和结直肠癌的发病率，但是目前还没有得到广泛的公认。