新生儿拉稀，首先是考虑感染性的原因，一般大肠埃希菌是引起新生儿拉稀最常见的细菌；病毒性，以轮状病毒最常见，常会继发糖酶的缺乏；真菌性的，多发生在长期的使用抗生素后，以白色念珠菌为主；寄生虫如滴虫、鞭毛虫都可以引起新生儿拉稀。非感染性的腹泻，也有喂养不当或者肠道外感染引起来；或者是吸收不良，如碳水化合物不耐受、乳糖不耐受等蛋白吸收障碍或者不耐受牛乳蛋白、过敏。其他的就是先天性失氯性的腹泻，或者先天性失钠性的腹泻；还有抗生素相关性的腹泻，是指由于长期使用抗生素，导致的肠道菌群失调而继发的肠道感染。