肝吸虫病早期主要表现为食欲减退、恶心、呕吐、腹泻、腹胀等消化道症状，还可能伴有心悸、失眠等神经衰弱的症状。儿童还有可能出现磨牙、夜惊、异食症、营养不良以及生长发育障碍。
当虫体堵塞胆管时，会出现明显的急性胆管炎的表现，主要是高热寒战、上腹部剧烈绞痛，呈阵发性或持续性并阵发性加重，疼痛可以向右肩背部放射，还可以伴有黄疸，也就是典型的Charcot三联征。
如果并发急性梗阻性化脓性胆管炎时，还会出现感染性休克以及中枢神经系统症状，比如谵妄、嗜睡、昏迷等。肝吸虫病如果反复发作，还可以造成明显的肝硬化，出现肝脏肿大、腹水、脾亢、下肢浮肿、贫血以及上消化道大出血等。