大便不成形原因有很多，包括器质性病因和功能性病因。器质性病因包括炎症性疾病、肿瘤性疾病等等，炎症性疾病又分为感染性疾病和非感染性疾病，肿瘤性疾病又分为良性和恶性肿瘤。此外，还包括缺血性疾病、放射性疾病等等。
以上疾病不做肠镜很难进行诊断，至少要先做大便化验，化验大便中有没有红白细胞、潜血，可以初步筛查有没有器质性疾病。但强烈建议还是要完善肠镜检查，以免出现漏诊问题。除外器质性疾病，对于大便不成形，可能存在着菌群失调等一系列因素，可以给予调节肠道菌群治疗。