泮托拉唑肠溶片是非常好的抑酸药物，对于患者胃疼、反酸、胃食管反流有非常好的作用，但是它的副作用也比较多。最常见的是消化系统的症状，如腹痛、腹泻、便秘、腹胀。还有的病人还可以出现神经系统的症状，如头疼。
除此之外，有的病人还可以出现恶心、头晕、视力障碍、视物模糊，还有一些病人可以出现过敏反应如瘙痒、皮疹、丘疹等。极个别的患者可能会出现血液系统的疾病，如血小板减少、白细胞减少等，还有的病人可能还会出现肾功能损害，严重的还可以出现过敏性休克。