复方消化酶胶囊的绝对禁忌症有急性肝炎患者和胆道完全闭锁的患者。同时在服药期间需要注意的禁忌有：
一、儿童用量一定要咨询专业的儿科医生，避免盲目服药。
二、服用药物的时候可以将胶囊打开，但是不可以将胶囊嚼碎服用。
三、对于复方消化酶胶囊中任何一种成分过敏的患者，禁止应用本药物。过敏体质的患者用药前要慎重。四、复方消化酶胶囊的性状发生任何改变的时候都禁止使用。五、如果正在使用其他的药品，比如铝剂，可能会影响复方消化酶的疗效，在使用复方消化酶胶囊前一定要详细咨询专业医师或者药师。