孕酮低会导致胚胎停止发育，如果患者黄体功能存在的缺陷，也就是黄体存在缺陷，从而导致了孕酮的产量不足。孕酮产量不足，会导致子宫内膜的发育迟缓。因为，孕酮是胚胎成功种植和维持早孕的必须条件，所以黄体期孕酮的缺乏是与胚胎停止发育有直接关系。但是，因为孕酮的昼夜变化规律和脉冲式的分泌，从而使得孕期血孕酮的检测变得并不可靠。并不是早孕期孕酮的水平低，就会导致胚胎停止发育。血孕酮的水平并不能用来作为妊娠结局的预测因子，而早孕期的低孕酮，看起来只是停止发育的结果。