流脑和乙脑都属于中枢神经系统的感染性疾病，两者都有一定的传染性。在临床上、症状上有很多的相似点，患者都会有剧烈的头痛、恶心、呕吐、发热、抽搐，还有惊厥的症状，患者查体脑膜刺激征会是阳性的，但是两者也有一定的不同点，具体如下：
一、病因不同，流脑是脑膜炎双球菌引起的，而乙脑是由乙脑病毒导致的，病毒是通过蚊虫叮咬以后再传播给人类导致的。
二、流行季节不同，流脑一般是在每年冬天末开始，到春天盛行，到夏天病情发病率明显下降，而乙脑流行都是在夏季、秋季蚊虫盛行的时候。
三、症状也存在着一定的差异，病程是不同的，患者引导的病人一般不会有菌血症，也不会出现休克的问题。
四、脑脊液化验结果是不同的。