功能失调性子宫出血的治疗，对于没有性生活的女性，首选内分泌治疗。内分泌治疗可以选用孕激素、雌激素以及复方短效口服避孕药、雄激素等，要根据是否贫血以及其他身体状况来进行药物选择，例如年轻的女性可以使用雌激素为主的子宫内膜修复法。
另外如果是有性生活，出现反复的异常子宫出血，首先需要进行刮宫来排除是否存在子宫内膜病变，再采用激素类药物进行调节恢复正常的月经，恢复排卵。