阿昔洛韦软膏主要用来治疗疱疹病毒感染所引起的皮肤病，比如单纯疱疹、生殖器疱疹、带状疱疹等等。扁平疣是由于人乳头瘤病毒感染所引起的一种皮肤病，所以用阿昔洛韦软膏不能治疗扁平疣。
治疗扁平疣要根据扁平疣的多少，采取不同的治疗方案。首先，如果范围很广、皮损很多。可以早上抹干扰素凝胶，晚上抹维A酸乳膏，连续使用2-3个月。其次，如果皮损比较少，只有散在的数个。可以采取物理治疗的办法，如激光或者冷冻的办法将其去除。
也可以同时联合中医中药的办法，如扎耳针或者是自血疗法等等。再次，如果皮损比较多，还可以采用疣体埋藏的办法来治疗。总之方法很多，但是阿昔洛韦软膏不能治疗此病。