对于出现的支原体肺炎患者一般选择阿奇霉素和红霉素，这两种药物哪个效果好主要取决于肺炎对于哪种抗生素更敏感。一般在临床上平时比较少使用抗生素，而且初次感染肺炎支原体而导致的肺炎，这时无论选择阿奇还是红霉素效果都比较好。
部分患者由于长期使用抗生素，比如长期使用阿奇霉素治疗，可能会导致支原体对阿奇霉素产生耐药，这时可能需要选择从来没有使用过的红霉素效果更好。临床上可以取呼吸道的分泌物做支原体的药物敏感试验，根据试验结果选择更加敏感的抗生素来治疗以提高疗效，可以区分哪种抗生素效果更佳。