脑静脉窦血栓形成治疗方法包括病因治疗、抗血栓治疗和对症治疗，能够引起脑静脉窦血栓的常见原因包括感染性血栓，比如常见的乙状窦、横窦的血栓可以应用足量、敏感的抗生素进行治疗。
如果由于严重的脱水患者引起上矢状窦血栓，应该进行积极的补液，维持水电解质的平衡。如果由于自身免疫性疾病导致静脉窦血栓，比如系统性红斑狼疮、白塞病等，应该给予激素治疗。
如果由于血液系统疾病比如蛋白C、蛋白S缺乏等应该给予相应的治疗。另外，抗血栓治疗要积极给予抗凝治疗，越早越好，即使有少量的颅内出血也应该酌情应用抗凝治疗，个别患者可以经过介入进行尿激酶或rt-PA的静脉溶栓治疗。
如果有静脉窦狭窄，可以进行血管介入支架成形术的治疗，因为静脉窦血栓会产生明显的颅高压，因此要积极的给予脱水降颅压治疗。