有些人来月经时会出现头疼，而产生头疼的原因与痛经常常一致，也就是其病因和病生理情况并十分清楚。有些人认为来月经头疼是与前列腺素合成与释放异常有关，前列腺素可以刺激子宫的平滑肌使子宫平滑肌产生收缩，这时会出现痛经的现象，同时也可以作用于血管平滑肌而产生头疼。
另外，血管加压素以及垂体后叶素也可以使得患者出现头疼的情况。还有一些人与个体的痛阈以及精神紧张等等密切相关，也就是来月经出现头疼，究竟是什么原因造成的常常不明确，出现头疼可以按痛经来进行处理。一方面注意休息，另一方面可以选择抑制前列腺素的药物来进行治疗。