自身免疫性脑炎的病因，是由于自身免疫机制介导的神经细胞损害，所导致的脑实质炎症。一般分为神经元细胞、自身免疫性脑炎和神经胶质细胞自身免疫性脑炎，以神经元细胞自身免疫性脑炎最为常见。在发病的诱因中，肿瘤因素、感染因素、遗传因素，都起到了重要的作用。肿瘤因素与自身免疫性脑炎密切相关，尤其是NMDA受体脑炎，常常合并恶性肿瘤，最常合并卵巢的畸胎瘤。
感染因素也与自身免疫性脑炎的发生有关，许多中枢神经系统的炎症，或者免疫性疾病，都与自身免疫性脑炎有关。比如比较常见的EB病毒感染，以及单纯疱疹病毒感染、儿童链球菌感染，都与自身免疫性脑炎有一定关系。而且中枢神经系统病毒感染，还可以诱发自身免疫性脑炎，尤其是单纯疱疹病毒脑炎最为多见。遗传因素在自身免疫性脑炎中，也起到了一定的作用，尤其是发现了各种人类白细胞抗原的相关位点，与自身免疫性脑炎的发生有关。