神经官能症引起的疼痛，一般是也药物治疗为主，也有辅助给予心理治疗。因为神经官能症出现的疼痛，有些疼痛没有固定的部位，还有些疼痛是有比较恒定的部位。
但是是排除了器质性的病变，有的出现头痛或肌肉的疼痛。治疗上可以给予对症的处理，比如是因为头部的疼痛，可以给予头痛宁或加巴喷丁、丙戊酸钠，可以改善疼痛的症状。
可以作为心情稳定剂调节患者的情绪，同时神经官能症还要给予抗焦虑和抗抑郁的药物，比如黛力新、度洛西汀或来士普联合丙戊酸钠来口服，一般疼痛是可以缓解的。