亚急性甲状腺炎分三个阶段，第一阶段是甲亢阶段，患者表现心慌、出汗、消瘦，伴有发热、颈部疼痛，化验单呈现甲亢，此时是假性甲亢，需要忌碘饮食，即不吃海产品。
第二阶段，临床缓解阶段，患者甲亢的症状及发烧、颈痛逐渐缓解，化验单趋向于正常，暂不予治疗。第三阶段甲减阶段，有部分亚甲炎的患者可出现甲减的症状，即乏力、爱困、体重上涨，化验单呈现甲减。此时根据TSH上升的情况，酌情用甲状腺素片替代治疗。