细菌性感染后发烧吃的药物要根据感染的种类，进行不同的药物处理，像在孩子扁桃体发炎的时候，是以溶血性链球菌感染为主，这个时候的细菌感染是以青霉素或者头孢类的药物，进行抗炎治疗为主，控制住感染之后，孩子的体温相应也会有有所下降。还有一些孩子的肠道感染引起细菌性的肠炎，也会伴有发热的症状。尽量选择庆大霉素或者是氨基糖甙类的药物，在儿童时期是尽量回避使用的，因为对儿童的副作用比较大，可以选择相对副作用比较小的，像青霉素或者头孢类的药物。
孩子的感染也要根据引起的疾病的原因，造成的不同情况有所区别，像有些孩子可能是耐药性金黄色葡萄球菌造成的肺炎或者引起的败血症，可能就需要使用万古类的抗生素，进行耐药性金黄色葡萄球菌的治疗，所以在不同的细菌感染，选择可以不同的敏感药物，同时根据感染的程度不同，使用药物的强度和方式也会有所区别。