甲状腺炎常常会累及到甲状腺组织造成组织的破坏，可能会导致永久性的甲状腺功能减退。甲状腺功能减退症主要由自身免疫、甲状腺手术等导致的低甲状腺激素血症，或者因甲状腺激素抵抗而引起的全身性低代谢综合征。
甲减的患者通常表现为代谢率减低和交感神经兴奋性下降，可以表现为畏寒、乏力、少汗、嗜睡、体重增加、颜面水肿。患者需要终身服用左甲状腺素，保证激素水平恢复到正常范围。此外桥本甲状腺炎是自身免疫性疾病，常伴发其它疾病，比如系统性红斑狼疮、1型糖尿病等。