尿细菌培养不能查出结核，因为普通的细菌培养和染色不能发现抗酸杆菌，即便是通过特殊的培养和染色发现了抗酸杆菌，也不能确诊为结核，因为有一些其他的抗酸杆菌，像包皮垢杆菌。
目前临床上结核的诊断多次通过病史，像患者出现尿频、尿急、尿痛的症状，查体出现肾区疼痛不适，影像学检查发现肾皮质破坏、输尿管僵硬或者附睾上有硬结，同时肺CT有陈旧的结核病变。
可以联合尿结核DNA检查和尿结核菌素试验，通过综合的判断来诊断为肾结核、泌尿系统结核。