肝脓肿是由于细菌或是阿米巴原虫感染所造成的，最常见的还是细菌性的肝脓肿，主要是由于胆管结石并发细菌感染时上行所造成的，另外其他部位的化脓性病变，比如说痈，中耳炎发生菌血症时，可以通过肝动脉侵入肝脏。坏疽性阑尾炎，细菌性痢疾也可以通过门静脉进入肝脏。此外，邻近感染的病灶，如胆囊炎可以通过淋巴系统侵入干燥，形成肝脓肿，而开放性的肝损伤，也可以造成肝脓肿的形成。而米巴性肝脓肿主要是继发于阿米巴痢疾以后常见于西部牧区的牧民。