矮小症的原因主要包括正常生长变异和病理性的身材矮小，其中正常生长变异又包括这几个方面，由遗传引起，其中包括家族性矮小和体质性生长延迟，在正常发育中的变异，其中特发性身材矮小是属于正常发育中的一种变异，生长发育迟缓主要见于小于胎龄儿，病理性的身材矮小主要包括以下几种原因：
第一、生长激素缺乏，生长激素缺乏症也是矮小最常见的原因。
第二、营养不良也可以导致身材矮小。
第三、胃肠道疾病。
第四、使用糖皮质激素治疗的过程中也可以出现矮小。
第五、性早熟，还有一些遗传代谢性疾病，比如Turner综合征、Prader-Willi综合征、Noonan综合征。
第六、另外就是有一些慢性疾病也可以导致身材矮小。