小腿骨髓炎根据其所处的时期采取不同的方式进行治疗，对于急性骨髓炎多采取抗生素治疗，选择相应的抗生素足疗程治疗大部分可以治愈。对于部分急性骨髓炎患者还可以采取手术的方式，如钻孔引流或开窗减压术进行治疗。
而对于慢性骨髓炎，首先先使用抗生素，抗生素多为治疗金黄色葡萄球菌的抗生素，在药敏培养结果后根据药敏结果进行调整。对于已有窦道或存在死骨的情况发生时，则需要采取手术的方式进行治疗，去除死骨，清除窦道而进行治疗。