静脉麻醉药的主要副作用包括术后的恶心、呕吐、发热、头晕、头痛、嗜睡等，极少数病人会出现血压下降、呼吸稍困难、血氧不足的情况，多发生于麻醉后的6小时以内。
随着药物在体内的代谢，1-2个小时以后大部分不良反应就会逐渐消退。但部分病人可能会出现幻觉，有时可能会持续2周左右，尤其以年龄较小的儿童多见。
为了防止术后的低血压发生，所以麻醉后要平躺6小时，出现呕吐时头偏向一侧防止误吸。