口腔扁平苔藓目前没有特别有效的口服药和治疗方法，一般目前治疗用的药物是糖皮质激素还有环孢素，这些一定要在专科医生的指导下用药。
也可以局部治疗，拔除可能导致扁平苔藓的残根、残冠，去除导致扁平苔藓的假牙和导致过敏的补牙材料，使用对症的止疼、止痒药物，如西瓜霜喷雾剂、丁硼漱口水。
因为很多扁平苔藓的发病原因不明，所以治疗也不是单一的，需要综合治疗，患者首先要提高自身免疫力、合理安排作息时间、消除紧张情绪、防止内分泌失调，饮食要清淡，不吃上火、刺激性的食物，也不要在太阳下暴晒，还可以用中医来调理体质，清热解毒。