国内外对亚临床甲状腺功能减退症进行长期的随访观察发现，每年大约有2%-5%的亚临床甲状腺功能减退症患者会发展成为临床甲状腺功能减退症，5%的患者TSH水平恢复正常，剩下90%仍然维持亚临床的甲状腺功能减退症。
我国的一项随访研究证实，未接受甲状腺激素治疗的亚临床甲状腺功能减退症患者五年内有29%的患者仍然维持亚临床甲状腺功能减退症，5%的患者发展成为临床甲状腺功能减退症，66%患者的甲状腺功能可以恢复正常。欧洲的一项前瞻性研究证实，单纯的甲状腺自身抗体阳性、单纯亚临床甲状腺功能减退症和甲状腺自身抗体阳性，合并亚临床甲状腺功能减退症，每年发展为临床甲状腺功能减退症的发病率分别是2%、3%和5%。