反流性食管炎长期患病会引起咽炎的发作，当胃酸反流到食管之中，对食管黏膜造成侵犯时就会诱发反流性食管炎的发作。由于食管部位与咽喉部位是非常接近的，一部分人在食物反流的时候，胃中酸性物质还会接触到咽喉部位，长期食物反流就会对咽喉黏膜造成损坏，因此患有咽炎的可能性也会增加。
对于反流性食管炎的患者，除了需要使用抑制胃酸、修复胃黏膜的药物进行治疗外，同时还应当配合促动力药物，比如多潘立酮、莫沙必利，这一类药物可以让胃内的食物尽快排空，而减少食物反流的可能性。在出现食物反流之后可以适当的喝一口清水，对咽喉部位进行清洗，能够减少酸性物质对咽喉黏膜造成的侵犯，避免咽炎的发作。