肠系膜静脉的血栓常可以引起较严重的后果甚至危及生命，所以是血管外科及基本外科常见的急症。
肠系膜血栓发病常较缓慢，初始表现为腹部的不适、有便秘或腹泻，在数日或数周后随着血栓的蔓延扩大，静脉回流受阻影响肠道的生存，会出现突然发生的剧烈腹痛、持续性呕吐、腹泻以及血水样便，这种情况常在查体时可以发现腹胀、腹部压痛、反跳痛及肌紧张等急腹症的症状。
腹腔穿刺可以抽到血性液体且常伴有白细胞和红细胞压积的增高，在X光平片上可以显示小肠扩张、充气并伴有液气平。