对于心脏射频消融术的弊端，常见以下几方面：
1、房室传导阻滞：也就是存在房室分离，当患者进行射频消融手术时，尤其是对室上性心动过速、房室结内折返性心动过速来进行射频消融手术，由于手术的部位在人体的房室结，所以容易在烧灼的过程中，出现房室结功能的丧失，从而导致房室分离，也就是引起三度房室传导阻滞，患者之后可能会安装永久起搏器来进行治疗。
2、穿刺部位有血肿：因为射频消融手术的进针位置在人体的血管部位。
主要的弊端就是上面这两方面，心脏射频消融手术是一项微创手术，对人体的影响相对比较小。