根管治疗是目前治疗牙髓炎、根尖周炎的有效方法，要说根管治疗的坏处就是做根管治疗的时候需要忍受一定的不太舒服的感觉，有的时候还有一些疼痛的感觉。另外，做根管治疗也比较复杂，需要拍片，需要往返几次医院进行复诊检查做处理。
另外，做根管治疗之后牙齿就失去了牙髓活力，坏死感染的牙髓需要祛除，这样牙齿失去了牙髓活力，失去了来自牙髓的营养，牙齿可能就会变脆，容易折裂等等，来做根管治疗之后就需要进行做全冠保护，应该说这就是做根管治疗的一些坏处。
但是如果一个牙齿有牙髓感染、根尖有感染，就目前来讲，根管治疗是唯一有效的方法，所以不能因为做根管治疗之后会有这样的一些影响，而拒绝做根管治疗。另外，牙齿做根管治疗之后变脆等等这些情况的产生，应该说并不是根管治疗本身带来的，在牙髓坏死之后根尖有炎症等，即使不做根管治疗同样牙齿会继续变脆，甚至折裂等等。