接种乙脑疫苗后，一般没有明显的、严重的不良反应。有的孩子在接种当天会出现发烧的情况，一般发烧不超过48小时，体温一般低烧，不超过38.5℃，可以采取物理降温的方法。给孩子多喝点水，可以用温湿的毛巾，擦孩子的手心、脚心、腋下、腹股沟、颈部等大血管丰富的部位，通过反复擦拭可以达到降温的作用。
另外，很多孩子会在接种的部位出现轻微的红肿、疼痛，一般2-3天以后，红肿、疼痛会逐渐消失，家长也不必紧张、焦虑。个别孩子有过敏的现象，要注意观察，接种完以后最好在接种的地点观察半个小时，如果没有任何不适再离开。