睡醒后咳嗽非常厉害应该及早明确病因，进行对症和病因治疗，可以用淡盐水或者生理盐水漱口、漱喉咙，并且检测血常规，拍双肺X光片或者CT，可以做肺功能检测。如果明确是咳嗽变异性哮喘应该给予药物来进行对症治疗，比如孟鲁司特、布地奈德，或者适当服用复方甲氧那明胶囊来达到止咳、平喘的目的。合并有细菌感染时应该提早选择敏感抗生素，如阿莫西林、克拉维酸钾、头孢呋辛、克林霉素、左氧氟沙星等药物，并且给予增强免疫力的药物，比如补充肺气的养阴清肺丸等。