艾滋病病毒感染者最常合并的感染并非肺孢子虫，而是肺孢子菌，是艾滋病患者所有机会感染之首，也是其主要的并发症及死因。肺孢子菌曾经被划分为原虫，称为卡氏肺孢子虫，所致的疾病称为卡氏肺孢子虫肺炎。
现在发现卡氏肺孢子虫仅感染啮齿动物，而耶氏肺孢子菌才是感染人的肺孢子菌，属于真菌感染。艾滋病患者合并肺孢子菌肺炎的患者，表现为缓慢起病，出现高热、气促、发绀，伴有严重缺氧及呼吸衰竭，少数患者肺部能闻及啰音，胸片为弥散性或对称性肺门周围的间质性炎症。
肺部CT典型征象呈毛玻璃样改变，从患者引流的痰、支气管灌洗液中可以查出卡氏肺孢子菌，是病原诊断的依据。肺孢子菌肺炎经常发生在CD4+T淋巴细胞计数低于200g/μL的患者，目前治疗肺孢子菌肺炎的首选药物是复方磺胺甲恶唑。