甲状腺肿大的治疗目的主要是使甲状腺的体积缩小，解除肿大的甲状腺压迫的症状，维持甲状腺功能的正常。当甲状腺肿大同时合并甲状腺功能亢进时，可以使用抗甲状腺药物来抑制甲状腺激素的合成，治疗的药物主要包括硫脲类药物和米唑类药物。
当甲状腺肿大合并甲状腺功能减退的时候，可以使用左甲状腺素进行激素替代治疗，这样可以使垂体促甲状腺激素释放恢复正常，当甲状腺肿大如果合并甲状腺功能正常的时候，如果没有明显的压迫症状，通常不需要治疗，如果出现明显的压迫症状，可以进行手术治疗。