治疗扁桃体炎先要选择比较敏感的抗生素，临床上治疗扁桃体炎常用的抗生素，首选头孢类抗生素及青霉素类药物。因为扁桃体发炎常见的致病菌是链球菌，对头孢或者青霉素比较敏感，可选择的药物有头孢克肟、头孢克洛、头孢地尼、头孢丙烯等，青霉素类的有阿莫西林、青霉素V钾片。
如果对青霉素和头孢过敏，可以选择罗红霉素、阿奇霉素等大环内酯类的抗生素，治疗效果也不错。