炎症性肠病是一类多种病因引起的异常免疫介导的肠道慢性及复发性炎症，有终生复发倾向，溃疡性结肠炎和克罗恩病是其主要疾病类型。发病机制很复杂，是由环境、遗传、感染、免疫等多因素相互作用所致。
环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，起动了难以停止、发作与缓解交替的肠道天然免疫，以及获得性免疫反应。导致肠黏膜屏障损伤，溃疡经久不愈，炎性增生等病理改变。溃疡性结肠炎和克罗恩病是同一疾病的不同亚类，组织损伤的基本病理过程相似，但可能由于致病因素及机制上的差异，导致病理表现不同。