怀孕46天孕囊应该2cm大小左右，怀孕46天属于早孕期，胚胎尚小，刚着床，不太稳定，这种情况下孕妇应该注意多休息，不要太劳累，有些发育快的这时也可以看到胎心、胎芽。如果没有看到胎心、胎芽也不要着急，一般来说在怀孕七周左右才能够看得到，所以暂时没有看到也并不代表胚胎发育不好。
怀孕的早期监测血HCG、雌激素、孕激素水平的变化是非常重要的。通过监测激素水平变化，可以看出胚胎发育的情况，只要激素水平在不断上升，这种情况下胚胎就是好的。