子宫内膜异位症的病灶在盆腔最常见的就是异位在卵巢，异位在卵巢就会导致卵巢局部出现巧克力囊肿，会导致痛经，会导致局部出现囊肿。一旦发现卵巢局部的巧克力囊肿，给予手术进行治疗并且在术后积极预防复发。
如果子宫内膜异位症的病灶异位在盆腔其他位置，也会在局部形成囊肿，建议根据检查结果再给予相应的治疗。如果相对囊肿比较小，引起了明显的痛经，可以上宫内的曼月乐环进行治疗，使子宫内膜萎缩并且使异位症的病灶萎缩，从而达到治愈的目的。
另外，建议女性在月经期不要剧烈运动，不要有性生活，尽量减少宫腔操作病史，也可能会减少子宫内膜异位症的现象发生。