牙石表面的牙菌斑是牙周炎的主要致病因素，牙菌斑有很多种细菌组成，大部分细菌为口腔内正常菌群，少数为致病菌，每一种牙周炎的病损区常会有一种或几种优势菌，他们的毒力很强，可以造成牙周组织破坏.
例如最常见的慢性牙龈炎，其主要致病菌是牙龈卟啉单胞菌，该细菌是公认的致病菌，是病变区域最主要的优势细菌，对慢性牙周炎有促进作用。发生于年轻人口内的侵袭性牙周炎，牙周破坏程度比较严重，患者常在二十岁左右口内牙齿可以出现松动、脱落。该疾病的主要致病菌为伴放线放线杆菌，该细菌可以降低宿主的自身抵抗力，同时会造成牙槽骨吸收及软组织破坏，促使附着丧失，形成牙周袋。部分重度牙周炎患者口腔内还可以存在福赛坦氏菌，常与牙龈卟啉单胞菌等一起在病变部位检出，并且吸烟患者口内福赛坦氏菌较多。