复方倍他米松是长效糖皮质激素，如果长期应用，对身体的不良反应表现在很多方面。从心血管方面来看，可以加重高血压、充血性心力衰竭，并可加速动脉粥样硬化，可以引起血糖升高、尿糖阳性，停药后可逐渐缓解。也可以表现为满月脸、向心性肥胖，可出现紫纹、多毛、痤疮、体重增加、高甘油三酯血症，这些症状在停药后可逐渐消失。
在女性方面可导致月经不规则、低钙血症，50岁以上、15岁以下、绝经期妇女，以及体型瘦长的人容易发生股骨头坏死。在消化系统方面，可以引起胃肠道的溃疡病及穿孔，可引起脂肪肝，可以有恶心、呕吐的症状发生。同时这个激素还可以引起焦虑、性格改变、抑郁症、失眠、欣快，诱发一些精神的一些改变，停药后也可消失。
小孩用大剂量的糖皮质激素可以引起惊厥，如果激素用在儿童方面，可引起生长停顿、延缓骨龄、阻止长骨的生长，同时长期用激素可引起结核复发、深部的真菌病以及疱疹病毒感染。在皮肤上的不良反应，可延缓伤口的愈合，出现膨胀纹、毛细血管扩张、细菌感染、一些孢子菌毛囊炎，还可以引起激素性痤疮、激素性红斑、紫癜、多毛症等。