黄连素不是抗生素，黄连素在药物分类上属于非甾体消炎药，但其有一定的抗菌活性，主要对痢疾杆菌和大肠杆菌引起的肠道感染有效，所以会把黄连素用在消化道感染的治疗中，但其本身并不是抗生素。
一般抗生素指从微生物中提取出来的，对细菌具有作用的物质，而黄连素是从中药内提取出来的中药成分，具有一定的抑菌活性，所以在感染性疾病中可以使用，但是从分类上不能把其分为抗生素。