巧克力囊肿是否需要手术，具体得看巧克力囊肿的大小。如果囊肿是5厘米以下且不影响月经，每个月都有成熟卵泡排出也不影响怀孕就不需要手术。如果巧克力囊肿是5厘米以上，内分泌检查的时候发现雌孕激素有异常影响到月经周期或者卵巢的排卵，甚至有的人5厘米以上的时候囊肿可能会出现蒂扭转，从而出现腹痛等急腹症的情况就需要进行手术治疗，可以进行微创手术或者开腹手术行巧克力囊肿核除术保留剩余卵巢组织的功能。