支气管结核即使经过正规的抗结核规范化治疗，复发几率仍然很大，因为支气管结核与普通肺结核不完全一样，它容易发生干酪样坏死，堵塞支气管引起肺不张。
结核杆菌潜伏在支气管腔内不容易被清除，遇到自身免疫功能低下，或者有基础疾病糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、慢性肾衰竭、自身免疫功能低下时，遇到感冒易发季节就容易诱发支气管结核的复发，所以支气管结核的治疗比较困难，有时需要支气管球囊扩张术。
尽管采用了种种手段，该病的复发率仍然很高，而且随着年龄的增长，发病率、复发率更高。