对于骨髓炎的治疗，最重要的就是控制病原菌的发展与繁殖，彻底清除病灶，开放性松质骨植骨以及反复冲洗是目前最常用的治疗方法，常用的方法有穿刺吸引术，通过穿刺吸引，减轻腔内的压力，同时注入抗生素抗菌治疗，开窗引流术在开孔进行分泌物引流，并进行抗生素灌洗，死骨取出术对于存在死骨的患者，可采用手术方法将死骨取出，是治疗慢性骨髓炎常用的手段之一。对于较为严重的骨髓炎或者多处的骨髓炎、出现窦道的骨髓炎，以及出现并发症的骨髓炎进行手术，可以截肢治疗，此外还有带蒂的肌瓣填塞和大块髌骨切除等手术方式。