疱疹性咽峡炎是一种柯萨奇病毒A型和肠道病毒71型引起的传染性疾病，目前主要采用对症治疗和病因治疗。一般治疗要注意做好隔离，避免交叉感染。因为在得了疱疹性咽峡炎期间，孩子会出现咽痛、进食困难。另外，如果出现了进食困难、高热不退，及时进行补液，以免出现脱水，电解质紊乱。
发热时可以采取物理降温的方式，比如退热贴或者温水浴。另外，药物治疗，主要是对症治疗，如果其体温比较高，超过38.5℃以上时，适当服用退热药，常用退热药物有布洛芬、对乙酰氨基酚。需要注意的是，两次用药最短间隔时间是4-6小时，24小时不要超过四次。发热的时候要及时吃退热药，避免高热惊厥发生。
还有病因治疗，目前病因治疗主要是用干扰素α，其具有一定抗病毒作用，可以抑制病毒复制。也可以用利巴韦林，利巴韦林可以治疗疱疹性咽炎，必要时可以在医生指导下使用药物治疗。另外，可以用中药治疗，孩子在发热期间可以吃清热解毒的中成药物进行治疗。