细菌性阴道炎复发的患者可选择与初次治疗不同的抗厌氧菌药物，也可使用阴道乳杆菌制剂恢复及重建阴道的微生态平衡。
细菌性阴道炎的病因是正常阴道菌群以乳杆菌占优势，如果乳杆菌减少，阴道的PH值会升高，阴道微生态失衡，其他微生物大量的繁殖，主要有加德纳菌，还有其他的厌氧菌导致细菌阴道炎。促使阴道菌群发生变化的原因目前不是很清楚，可能与频繁性交、反复阴道灌洗等因素有关。
细菌性阴道炎的治疗主要是选用抗厌氧菌的药物，主要包括甲硝唑、替硝唑、克林霉素。