引起肥胖的原因主要是热量摄入多于消耗，使脂肪的合成增加，以及能量代谢的平衡失调。肥胖主要是由于遗传和环境多种因素相互作用的结果，肥胖具有一定的家族聚集性，也就是说遗传在肥胖的发生和发展中起着重要的作用，但是肥胖的遗传机制目前尚不明确。
极少数的肥胖是属于单基因突变所导致的肥胖病，大多数人的肥胖不是单基因病，而是多基因以及环境因素共同参与，而导致的代谢性疾病。环境因素主要指的是饮食和体力活动，当进食的能量超过消耗所需的能量时，也就是达到了能量的负平衡，就会转化为脂肪，储存在全身的脂库中而导致肥胖。