囊性暗区和孕囊最主要的区别，囊性暗区内无明显的卵黄囊或者胎心、胎芽出现。仅看到低回声区，孕囊有胚芽和卵黄囊组织。
囊性暗区与孕囊在超声检查中有一定的区别，一般囊性暗区可以看到形状不规则，呈无回声区，回声均匀。其中也可以有点状、散在回声，或者分隔。而正常孕囊组织，一般是椭圆形和圆形，回声不均匀，囊内有胎芽或者卵黄囊组织。不同的囊性暗区，通常由宫腔内出血、宫腔内积液和炎症引起。孕囊组织是精子、卵子结合形成的受精卵发育而来。孕囊的发育和孕周的关系很大。所以囊性暗区不同于孕囊，孕囊有胚芽和卵黄囊组织。如果定期复查B超可以看到胎芽和胎心。
如果囊性暗区不大，一般不需要特殊处理。如果有症状，可以结合药物保守治疗，或者直径大于5公分有明显症状，甚至影响月经者，可以通过手术切除。