治疗伤寒的首选抗生素，既往首选氯霉素，但是由于氯霉素的副作用太大，目前已退居二线。
现在临床上治疗伤寒的首选抗生素为氟喹诺酮类，尤其是第三代喹诺酮，如左氧氟沙星、环丙沙星等，疗效好，副作用少，但是18岁以下的儿童禁止使用。
因此可选择第二代、第三代头孢菌素，如头孢三嗪、头孢曲松、头孢噻肟等，疗效更好，副作用小，但是价格上昂贵，还可选择的药物有氨苄西林、磺胺类，对伤寒杆菌都有一定疗效。
以上均为经验性用药，如果治疗后效果欠佳，还需行血培养或骨髓培养，根据药敏试验的结果来选择敏感的抗生素治疗。